剧情背景：
欧洲中世纪，位于西班牙某地的萨拉萨尔家族城堡附近，一个名叫losilluminados的邪教利用寄生虫lasplagas进行秘密的宗教活动。此后萨拉萨尔家族第一代城主攫取了邪教的统治权并将寄生虫全部深埋在城堡附近的地底。
1960年，声名显赫的亚希福特家族第六代家主爱德华·亚希福特和年轻贵族奥斯威尔·e·斯宾塞在非洲古迪帕亚遗迹中的菊科植物“太阳阶梯”中发现一种古代病毒，病毒能使生物体基因变异，失去意识，并且拥有极强的生命力和抵抗力。鉴于这种病毒的奇异特征，两人决定研究这种病毒，并命名为“始祖病毒”，始祖病毒母体样本诞生。
1963年，由于研究病毒的需要，斯宾塞以未来公司主管的度假别墅为借口，聘请著名建筑师乔治·特列博尔在美国西部浣熊市的阿克雷山区建造了内部结构复杂，机关重重的洋馆。四年之后（1967年秋）洋馆完工。斯宾塞随即邀请特列博尔一家前往洋馆度假。
1967年，11月10日。特列博尔的妻子杰西卡与女儿丽莎进入洋馆，随即被植入始祖病毒变异株type-a型与type-b型。
11月13日，特列博尔亦被挟持到洋馆遭到软禁。
11月16日，杰西卡与病毒融合失败遭到废弃处理，而丽莎却与病毒融合，但却失去理智，袭击供应饮食的女研究员，并剥下她的面皮。
11月27日，特列博尔从地下密室逃出，开始寻找出路。当他发现洋馆的结构和他当初设计的并不一样而无法逃出时，于11月31日在绝望中死去。
1968年，爱德华·亚希福特，奥斯威尔·e·斯宾塞，詹姆斯·马库斯三人成立跨国制药企业u公司（保护伞公司）。公司表面为财力雄厚，等级森严的制药公司，但在不为人知的背后却进行着病毒的研究和开发。由于找不到稳定病毒的方法，爱德华·亚希福特逐渐忽略打理公司业务，大权逐渐落到斯宾塞手中。
1971年，众多研究员敬仰的同时也是始祖病毒奠基者的爱德华·亚希福特感染病毒去世。其子亚历山大·亚希福特早已取得博士学位，成为了亚希福特家族第七代家主。亚历山大与1970年建造了南极研究所，主要研究基因遗传。然而研究却接连宣告失败，绝望之际他提取了家族创始人亚希福特家族第一代家主维罗尼卡·亚希福特的基因，通过人工授精的方式制造出阿尔弗雷德·亚希福特和阿莱克西亚·亚希福特兄妹，寄希望与培养出智力超群的后代。
此后数年，保护伞公司在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行始祖病毒和新型病毒“t”病毒的各种b.o.w（生化兵器）的开发。司董事詹姆斯·马库斯与1976年出任浣熊市阿克雷研究所以及新建干部养成所的负责人。
1977年，9月19日，干部养成所。新病毒的研究终于有了成效，在将病毒与水蛭dna结合后达到了马库斯预期的突破，马库斯将其命名为“t”病毒（取自tyrant暴君的第一个字母）。为了完善病毒，马库斯决定放弃啮齿类动物作为研究对象，而改用哺乳类动物，必要时就以人为实验对象。
11月15日，马库斯发现有人暗中调查他的研究，并猜到是斯宾塞所为。
1978年，2月11日。实验室入口遭到破坏，马库斯求助于他的得意门生威廉·柏金和阿尔伯特·威斯克并且为了夺得主动权而在董事会上公布了“t”病毒。不料斯宾塞早有准备，并指示威廉和威斯克杀掉马库斯。
6月3日，马库斯在研究病毒时被闯进来的特种部队开枪击毙。临死前马库斯看到了威廉和威斯克。马库斯的尸体被冲入下水道。然而水蛭女王的病毒附到他身上，马库斯在无人知晓的情况下以二十年时间复活。
7月31日，对马库斯事件起到重要作用的两人前往阿克雷研究所担任主要研究员，他们是18岁的全才阿尔伯特·威斯克与16岁的天才威廉·柏金。马库斯死亡后，两人便接手“t”病毒的研究。
1981年，7月27日。年仅10岁的天才少女阿莱克茜亚·亚希福特从大学毕业。阿莱克茜亚被保护伞公司分配到南极研究所。由于阿莱克茜亚的存在，导致威廉·柏金几乎疯掉。在过去的3年中“t”病毒的研制基本完成，只有近10％的人能免疫，所有人都满足于此成果时，斯宾塞却命令继续研究，直到开发出能毁灭世界的生物兵器，几乎没人知道斯宾塞的目的。威廉受到巨大冲击，疯狂的使用浣熊市的市民进行试验。
1983年，2月17日。阿莱克茜亚的哥哥阿尔弗雷德在南极研究所的密室中了解到自己与妹妹的身世，开始憎恨父亲。
3月3日，阿莱克茜亚将始祖病毒与蚁后基因融合，制造出新型“维罗尼卡病”，并在阿尔弗雷德帮助下以自己的父亲亚历山大为实验体植入维罗尼卡病毒。
4月22日，维罗尼卡病毒人体实验失败，亚历山大·亚希福特化为危险的怪物-诺斯拉图。被监禁于南极基地的地下牢房中。为了彻底完善维罗尼卡病毒，阿莱克茜亚将维罗尼卡病毒植入自己体内，并以冰冻的方式延缓病毒变异造成的智力衰退，由此进入长达十余年的沉睡。阿尔弗雷德回到洛克福德岛出任军事训练司令。不久他出现恋妹情节并出现人格分裂症状，所以有关维罗尼卡病毒的研究全部终止。
12月31日，从南极研究所传来阿莱克茜亚由于感染病毒而死亡的消息。至此，威廉·柏金的情绪才恢复正常。而威斯克开始考虑斯宾塞的真实想法，并欲脱离保护伞公司。
1988年，1月。迈克尔·沃伦出任浣熊市市长，并且与保护伞公司建立了紧密联系，半数市民都被保护伞公司雇佣。威廉·柏金已经结婚，妻子是同事安奈特·柏金，1986年两人的女儿雪莉·柏金出生，此时威廉已经是病毒研究的绝对权威，病毒的研究也进入成熟阶段。按照斯宾塞的构思，带有攻击意识的战斗生命体“tyrant”（暴君）被制造出来了，他拥有一定的智能，能按照编写好的程序执行命令，生命力，抵抗力，攻击能力都比人类强大。但是绝大多数人在植入病毒后会因为脑细胞与病毒融合时衰竭而几乎没有智力。按照基因解析融合模拟实验显示，一千万人中只有一个人能成为暴君。同年成立的法国分公司正在进行最新的“复仇女神”计划，这是一种全新思路的生化兵器。“复仇女神”是操纵基因而人工创造出来的寄生体，它寄生在寄生体的大脑，强化智能。所以如果把“复仇女神”与“t”病毒融合，就能培养出高智能的战斗生物。但是在“复仇女神”寄生后大多数生物都因为承受不了5分钟的智力支配就会死亡。所以最后还是只有借助第一个实验体丽莎，进入她大脑的“复仇女神”消失了。
1991年，威廉·柏金向公司提出了最新的“g-virus”（g病毒），斯宾塞批准开发。丽莎被注射了始祖病毒，以至后来所有的病毒在她身体里都能融合并不断变异，甚至吸收了“复仇女神”。威廉正是从丽莎身体中提取出了“g”病毒。“g”的特性是使基因变异，导致宿主的身体结构和细胞结构全部发生改变。而威斯克早已不再关心病毒，他争取到前往浣熊市警局当卧底的机会，暂时脱离了保护伞公司。
1992年，在保护伞公司的经济援助下，浣熊市开始大幅度重建和更新，发展迅速。威廉的新研究所（蜂巢）就建在了浣熊市的地下。
1995年，7月31日，威斯克和威廉再次来到伴随他们成长的阿克雷研究所。这里曾是最高级病毒研究所，而“t”病毒就是在这里开发出来的。由于丽莎在吸收了“复仇女神”后又开始撕其他女性的面皮，威斯克和威廉为了不使机密泄露而决定销毁丽莎。经过3天的生命停止反映后，丽莎被运到森林里的小木屋里，那里也放着丽莎的母亲杰西卡的棺材。
1996年，一度面临解散的特殊战术及救援特勤部队s.t.a.r.s在浣熊市重组，由阿尔伯特·威斯克担任队长。
1998年，5月初。在1978年死于保护伞公司内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“t”病毒双重影响下重生，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，并发誓报复保护伞公司。
5月11日,在马库斯的破坏下阿克雷研究所，干部养成所，地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。阿克雷研究所新主任约翰死亡。
5月14日，浣熊市废弃物处理工厂系统完成。该系统利用特殊瓦斯，化学溶剂与焚化炉来分解各种生化兵器的细胞并销毁处理。
5月20日，阿克雷山区发生第一例生化怪物攻击人类事件。
5月21日，保护伞公司研究员发表最新医学论文，提及在阿克雷山区发现的三种同种异形草药，分别命名为“绿色草药，红色草药，蓝色草药”。
5月27日,目击大型犬型怪物的消息越来越频繁。
6月初,运往废弃物处理工厂的尸体急剧暴增，无法正常处理。
6月16日,大量生化怪物出没于阿克雷山区。
7月9日，警方封锁部分森林，并考虑派遣s.t.a.r.s进入山区。
7月中旬,实验体处理工厂已无法处理大量感染者尸体，工人们暴露在病毒下工作，并有不少员工出现轻微感染症状。保护伞公司认为浣熊地区病毒泄漏事件已无法控制，决定严守秘密，并防止s.t.a.r.s和州警介入。
7月22日,美国海军特种部队少尉比利·科恩因被指控1年前在非洲执行任务时枪杀23人而被判处死刑，经由阿克雷山区押送至雷克森基地执行死刑。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遇袭，押送人员全部死亡，比利下落不明。为避免机密外泄，保护伞公司隐藏了情报，同时为了测试各种b.o.w的能力，通过阿尔伯特·威斯克的安排，s.t.a.r.s进入了阿克雷山区。
1998年7月23日，20时。马库斯博士指挥大批水蛭袭击了保护伞公司的客车，车内乘客全部死亡。
22时，浣熊市警局特殊部队s.t.a.r.s的bravo小队乘坐直升机前往阿克雷山区调查情况，出发后不久受到不明武器袭击坠毁，和浣熊市警局失去联系。
7月24日凌晨，威斯克以支援bravo小队为由，带领alpha小队进入阿克雷山区。
1998年，9月29日。病毒彻底在浣熊市内爆发。
10月1日，美国政府为了杜绝后患，于十月一日晨投放了一枚核弹进行灭菌作战。整个浣熊市及周边区域被夷为平地，10万人在此次生化危机事件中死亡，史称浣熊地区生化危机事件。
然而，故事至此，并没有照常发展下去。
短短一年时间，生化病毒彻底在全球爆发，一颗颗核弹相继问世，整个星球沦为一片废墟。
病毒肆虐，辐射异变！
丧尸进化，异能觉醒！
这里，已经成为一个崩坏的世界。
生化危机！
小说、游戏、电影？还是----结合！
崩坏世界！
废土！！！
“废土”是一种隐喻。当政权已经推翻，军队已经解散，法律已经废止，信仰已经颠覆……我们可以说，人间已为“废土”。废土世界是摧毁一切标准的世界，没有人在意善恶的区别。没有人理会对错的意义。在废土的世界，只有生存才是公理。
原本，没有相应的境界，就不该掌控相应的力量！
区区凡俗之心，沾满了各种肮脏的欲望，偏偏，却掌控着足矣灭杀地仙、颠覆种族的力量。
此等能力畸形的世界，诱因一起，不崩坏，反倒说不过去。
本土势力衰落，轮回者之间，必定有一场血的较量！
白骨露于野，千里无鸡鸣。
某片堆满杂物、枯树林立的焦土平原上，空间一阵颤动，接着，好似多出了一些什么看不见的东西，将周围飞舞的尘埃推散开来。
而后，几道光柱洒下，七道虹芒降落，如同天使降临人间，零小队的轮回者们踏上了这片已经沦为废墟的大地。